北京好治疗酒渣鼻医院 https://m-mip.39.net/man/mipso_8733706.htmlBovineTeatMicrobiomeAnalysisRevealedReducedAlphaDiversityandSignificantChangesinTaxonomicProfilesinQuarterswithaHistoryofMastitisFrontiersinMicrobiology,,IF=3.通讯作者：SergineEvensergine.evenremes.inra.fr乳房炎是奶牛中常见的一种因病原菌侵染引起的产后疾病，不仅导致乳产量下降和乳品质降低，而且会对乳制品经济链产生负面影响。抗生素治疗乳房炎的过程十分漫长，且复发率较高。本文章采用了16S测序方法对奶牛进行研究，揭示了病菌侵染和治愈对微生物多样性的影响。材料与方法31个牛初乳样品，收集于无炎症的27头牛，依据牛是否患过乳房炎，分为三种类型：无乳房炎患病史（Hq）、有乳房炎患病史（Mq）和亚临床乳房炎史（NDq）。提取初乳中的DNA，进行V3-V4区的PCR扩增，使用16S高通量测序分析不同类型牛乳腺微生物的组成以及乳房炎的感染和治愈过程对乳腺微生物产生的影响。测序平台：Roche测序数据量：条reads/样研究结果1、微生物多样性分析Alpha多样性指数被用来评估Hq、Mq和NDq中乳腺微生物的多样性，研究表明，随机抽取条序列时，Hq、Mq和NDq的微生物指数分别是7.87、6.54和6.16，Hq的微生物多样性显著高于Mq，而Mq的微生物多样性与NDq无差异。图1不同类型乳房炎患病史的Alpha多样性指数稀疏曲线图白色方框、黑色三角和灰色菱形分别代表代表Hq、Mq和NDq。2、微生物分类和丰度分析Hq、Mq和NDq乳腺中微生物在不同分类水平的比例。结果显示，基于物种丰度，厚壁菌门是优势物种，接着依次是拟杆菌门和放线菌门，其中变形菌门的丰度较低。图2样品中微生物门水平和属水平上的分布横坐标表示样品名称，纵坐标表示相对丰度＞5%的属水平上物种的丰度，相对丰度＜5%的种水平上物种的丰度，放线菌门用蓝色表示，拟杆菌门用红色表示，厚壁菌门用绿色表示，变形菌门用紫色表示；下面的表格显示样品鉴定为Hq、Mq和NDq的情况，I表示病原菌侵染宿主，NI表示无病原菌侵染。3、样品聚类分析比较牛乳腺中微生物组成，主成分分析是基于门水平和属水平上的物种分类，结果显示Hq和Mq中微生物组成显著不同，NDq的微生物组成部分与Hq相似，部分与Mq相似，而NDq的中心与Mq的中心较近。聚类结果与PCA结果一致。图3乳腺微生物的组成分分析和聚类分析A图主成分分析是基于门水平和属水平的物种分析，横坐标表示第一主成分，纵坐标表示第二主成分，不同颜色代表不同的样品，每一个点代表一个样品。方框代表该样品的中心位置，距离的远近代表样品的相似性；B图是样品的聚类树，样品聚成C1和C2两簇。4、物种LEfSe差异分析对Cluster1和Cluster2的物种丰度进行秩和差异性检验，根据LDA分值和p-value估算每个微生物的丰度对差异影响的大小，找出对分簇产生显著影响的微生物物种。结果显示，Cluster2中差异物种比Cluster1多（图A）；Cluster1（52.6%）中的芽孢杆菌多样性显著高于Cluster2（22.7%），与葡萄球菌的多样性相关，而Cluster2（41.9%）中的梭状芽胞杆菌多样性显著高于Cluster1（16.3%）。图4Cluster1(Mq和NDq)和Cluster2(Hq)中显著性差异的代表物种不同颜色代表不同的簇，红色和绿色分别代表在C1和C2中起到重要作用的微生物，黄色表示在两簇中均没有起到显著作用的微生物，扇形面积大小与微生物物种丰度相关。A图表示门水平和目水平的物种差异，B图表示厚壁菌门中芽孢杆菌和梭状芽胞杆菌的物种差异。结论有乳房炎患病史的与无乳房炎患病史的奶牛，它们的乳腺微生物不同；病菌侵染或治愈均影响乳腺微生物的组成，使微生物多样性降低。亮点关于乳房炎发病期微生物多样性的研究较多，本文首次研究了病菌侵染或治愈后对乳腺微生物的影响；PCA分析显著将无乳房炎患病史和有乳房炎患病史的乳腺微生物分开，结合LEfSe差异物种分析，找出区分两组的标记微生物，对乳房炎的诊断有重要意义；不同分类水平使用LEfSe分析鉴定对分组起重要作用的微生物，使分析更全面。锐翌基因服务锐翌基因采用IlluminaHiSeqPE测序策略对16SrDNA的V3+V4或多种单可变区进行测序，数据质量更高（Q30≥90%），而且测序通量显著提高；再加全面升级的分析内容，和高大上的网页版结题报告，给各位新老客户完美的测序体验。供稿：冯丹编辑：王雪婷预览时标签不可点收录于话题#个上一篇下一篇
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